贝桑松大学下属5个学院和1个语言中心，包括：法律经济学院（国际法、经济法等专业）；理学院（生命科学、数学、物理、化学、机械学等专业）；文学院（语言学、比较文学、历史、艺术、绘画等）；医学院（医学、药学等专业、心脏研究较有名）；体育学院（运动学、运动管理等专业）；应用语言培训中心。